No lo permite porque es potencialmente peligroso. Quizá el programa A que estás instalando, sustituye o requiere que el programa B que estás instalando simultáneamente se desinstale entero o sustituya una librería y al final tengas un caos de cosas que hay pero no deberían o cosas que no hay pero deberían, lo cual termina en fallos y mal funcionamiento. Por decir algo.
Si te refieres a cómo funciona el bloqueo, pues el programa de instalación crea una señal (un archivo por ejemplo), y si al intentar crear otra instancia del programa, éste ve que el archivo existe, se niega a arrancar. (obviamente cuando el programa original termina sus tareas, borra la señal o el archivo de bloqueo)