Veamos... no dices que usb loader usas, y no estoy muy versado en el metodo que comentas, pero creo que lo que tu quieres usar el el loader TRIFORCE que mediante una copia de tu nand en la sd/ubs ejecuta los vc/wiiware sin pasar por la nand de la consola.
Tienes un tutorial superbueno en el foro softmods:
hilo_triiforce-mrc-v9_1305324Otra forma de ejecutar vc/wiiware es parcheando la ios del menu principal para que puedas cargar software no oficial desde la sd hacía la nand de la consola. (el proceso es instalar el vc/ww en la wii y pasarlo a la sd, para a posterior ejecutarlo directo desde la sd).
El último metodo y es el que personalmente te recomiendo es que uses el usbloader Uloader 4.8A (vinculo en softmods), el cual a parte de poder ejecutar tus backups de juegos wii, tambien permite ejecutar vc/wiiware sin pasar por la nand de la consola, y sin tener que volvar una copia de la nand en la tarjeta para poder hacerlo.
Sobre el formato Wbfs, el creador de este formato es precisamente el creador del Uloader 4.8a, y te diré que es el mejor metodo para cargar backups de Wii.
Para poder compartir en un mismo usb el formato fat32 y wbfs, solo tienes que particionar el espacio del hd usb en dos partes, usando una para fat32 y otra para wbfs, el uloader te las reconoce sin problemas.
Otra opción es usar la tarjeta sd como fat32 y el usb como wbfs.
Tienes opción de usar otros formatos fat/nstc para cargar backups, pero tienen tantos problemas como beneficios, aunque eso si, la decisión es total y absolutamente tuya.
Un saludo
Shine