Vale... paso a paso.
Si la Bios te lo detecta, el 99% esta ya arreglado
Ahora arranca en modo MSDOS... y ejecuta el comando FDISK.
Veras que los menús van por numeros... no te asustes
Elije cambiar de unidad de disco (IMPORTANTE), y selecciona el nuevo HD de 40 GB.
Elige la opcion de "crear nueva particion", del tamaño que quieras (yo hago varias, pero eso es opcional). Elige luego que esa sea la particion activa (no es imprescindible, pero ya puestos...)
Una vez que reinicies, la particion estara creada. Luego ya podras formatearla bajo Win98 (la primera vez formato completo y testeo de errores).
Y ya esta...
Esto es asi de lioso porque el Win98 es una cosa rara de 16/32 bits, y el manejo de HD´s se hace desde ahi (cosa que no ocurre en 2000).
Los HD´s vienen de fabrica VACIOS, eso es sin particiones, y sin formato para que uno pueda usar el que prefiera... y es que hay mas sistemas de disco que escusas para llegar tarde.