Yo lo hice por NTFS pero no recuerdo bien cual de las dos opciones me funciono, te cuento las dos son muy fáciles de probar:
1.- creas carpeta en la raíz con el nombre GAMEZ dentro de la carpeta pones la iso del juego que quieras
2.- creas carpeta en la raíz con el nombre PS3ISO dentro de la carpeta pones las iso de los juegos, una de las dos funciona seguro, ahora no recuerdo y no puedo comprobarlo porque pase los juegos al disco duro interno de la consola.
Lo que está claro es que para pasar los juegos en en NTFS si no es un rollo no se ni si se puede copiar archivos tan grandes en fat32