En realidad el sistema sí puede volverse muy lento si la unidad principal está demasiado llena, por temporales que pueden escribirse, logs, etc, si te queda muy poco espacio todo eso se vuelve problemático. Y si es un HDD, más lleno = mucho peor rendimiento. El disco duro se vuelve más lento conforme se llena. Pero ese no es el caso, ya que hablamos de un SSD.
Sobre el SSD, en realidad es más problema del registro y otras historias que de los ficheros del programa. Para evitar estos temas puedes recurrir a versiones portables del software, si las hubiera. O puedes probar el programa en cuestión en una máquina virtual para ver si es intrusivo o no.
Formatear es un poco absurdo para solucionar según qué cosas, evítalo. No es ni remotamente necesario hacerlo tantas veces. Si puedes hacer un mantenimiento del equipo es mejor a reinstalar. Sobre todo también por el tema activaciones del sistema operativo. Respecto a eso puedes instalar el sistema, activarlo, instalar los drivers y hacer una copia del disco duro / SSD del sistema con software gratuito como Redo Backup o Clonezilla, y restaurar la imagen en lugar de reinstalar. Así conservas la activación.