Si formateas y reinstalas Windows, por defecto le asigna la letra C a la unidad donde tengas instalado el S.O.
Si en el otro SSD tienes el arranque de Windows, usa una distro live de linux p.ej. y antes de instalar Windows lo borras del todo, o al principio del proceso de instalación de Windows, abre una ventana de comandos en modos MS-DOS pulsando las teclas ALT+F10, ejecutas el comando DISKPART, seleccionas el disco antiguo con el comando select [nº de unidad] y ejecutas el comando CLEAN, luego exit y después otra vez exit para cerrar esa ventana. A partir de ahí ya instalas Windows como siempre.
Saludos.