Vamos a ver, es que esa es la idea. Haciendo otra partición, no tocas nada de Windows, porque ni siquiera lo tienes arrancado. Wubi está pensado para instalar un disco duro virtual DENTRO de la partición de windows, de tal manera que durante el arranque, se cargue. Si haces una instalación normal en otra partición, la partición de Windows ni siquiera la rozarás, una parte de GRUB se instalará en el MBR del disco duro y no el sector de arranque de la partición de Windows, y la otra parte, en el sector de arranque de la partición de Ubuntu.
Evidentemete, siempre corres el riesgo de meter la pata y cargarte algo importante, pero eso lo puedes hacer de igual manera instalando con wubi o con la instalación normal, tú solo deja espacio libre sin particionar en el disco duro, y de lo demás que se encargue el instalador.
