Solo te modificará las particiones que tu le digas que modifique, ninguna Otra. obviamente, si elijes que el punto de Montaje de "/" Sea la partición donde actualmente tienes windows, tiene que formatearla Ajuro! Para cambiar el formato a EXT3 (o 4. como elijas..).. Aunque la verdad, no entiendo muy bien la pregunta.. Podrias Re plantearla.
Salu2!