La unica solución que se me puede ocurrir a mi es que hagas una instalación normal y cuando tengas todos los drivers instalados y todo funcional, hagas una imagen de ese windows y lo instales en el disco duro externo, de ese modo te saltarías el asunto de los drivers. De todos modos depende mucho también de la versión de Windows, por ejemplo a mi el Windows 7 me da muchos problemas con los drivers del USB3 y sin embargo el Windows 8 va fino fino.