Desconecta el hdd antiguo y deja solo conectado el ssd dentro de la caja. inicias la instalacion hasta que acabe del todo , que reinicie varias veces, actualiza con windows update, etc....
Una vez todo esto, vuelves a conectar el hdd antiguo y en principio te tiene que arrancar desde el ssd, una vez en windows, formateas el hdd antiguo o borras lo que no quieras o lo que tu veas. Lo mejor es copiar lo que te interese a otro hdd o pendrive y hacer un formateo rapido a ese hdd antiguo, ya que asi eliminas cualquier resto del anterior sistema operativo.
Asi es como lo he hecho yo instalando windows 8.1.