Vallamos x partes:
Si kieres meter ambos SO, puedes hacerlo asi (para que convivan los dos en el mismo HD -no lo recomiendo-
1)Instala en windows basado en FAT (win98 en este caso)
2)Una vez instalado, mete el NTFS (win xp en este caso) y en las opciones que te de, elige instalacion nueva.
Cuando se reinicia y demas, te dira donde kieres meterlo, elige el disco donde este el win98 y justo hacerlo, te saldran varias opciones, elige "dejar la unidad como esta" (o algo parecido).
La instalacion se cumplira y al iniciar, podras elegir win98 o xp mediante el boot de M$
EDITO
Que he leido mal.
Haz el paso nº1.
Sigue el paso 2 hasta donde pone lo de elegir unidad, ahi elige la otra unidad y el formato q kieras darle (recomiendo NTFS)
Conseguiras dos SO conviviendo en diferentes unidades.
Por si acaso, a la hora de instalar el xp (cuando todavia estas en el 98) en opciones avanzadas elige "elegir unidad donde se instalara" (o algo asi)
Creo q seria buena idea hacer un tutorial sobre esto...