Pues que el formateo limpia completamente el contenido del disco y se pierde toda la información contenida en el mismo, mientras que la reinstalación, en este caso, se limita a renombrar las carpetas y archivos que le estorban para instalar las suyas propias.
Si no te importan los datos almacenados en el disco, lo mejor, desde luego, es que inicies por el DVD y le metas un formateo. Muchísimo más limpio.