El problema es la versión. En el caso de la traducción, se usa el gcserver de paradox y tal, y resulta que es ntsc. Cuando usas tu disco original, es pal, y debido a eso no se puede cargar partida.
Circulaba tambien otro emu (en realidad todos son el mismo), de Jurai, pero a pesar de ser pal, daba más problemas aun que la versión de paradox. Asi pues, desaparecian cosas de pantalla, y en eso del templo de las sombras, desaparecia una de las piedras del tiempo necesarias para continuar. Hasta llegar a ese punto se podía jugar, con algun que otro fallo, pero si conoces el zelda al dedillo, podías ir tirando, pero llegado a ese punto, el bug de que las piedras no se mostraran hacia que no se pudiera continuar. Además, y de esto último ya no estoy tan seguro, por no se que modificación, el original tampoco aceptaba la partida, porque en memory quedaba alojada como master quest, o como mask of mujula, o como no recuerdo como, pero que vamos, que no se podia.
En su día dedique muchas horas y esfuerzo, y todo resulto inútil. Espero que tengas más suerte y más paciencia de la que yo tuve.