Vaya por delante que no conozco este programa pero, a excepción de que exista la opción que solicitas (cosa que no sería muy común), en el fondo, todo tiene que ver en cómo se vaya a utilizar el programa... Si se desea usar el programa para lo que sirve, controlar stocks y costes de los mismos, extraer informes sobre éstos, obtener estadísticas, pasar datos de venta (tiquets, facturas, etc...) a una asesoría, en su caso, u obtener de forma automática listados de Facturación para liquidaciones de IVA,, etc... Lo que tenéis que hacer es lo que, según comentas, os pide el programa y que suele ser lo habitual: introducir los productos sin IVA y, luego, aplicar el IVA (lo mismo para compras que para ventas). Poner el IVA a cero, a mi modo de ver, es la peor solución posible.
Tampoco sabemos qué tipo de negocio es y qué obligaciones tributarias puede tener, pero ojo con los listados de ventas, tiquets, facturas, etc... y los IVAs incorrectos sobre estos...
Si la decisión fuese mía, usaría el programa con arreglo a su lógica de funcionamiento aunque, como es lógico, esto conlleva trabajo adicional pero todo lo demás son parches que, un día u otro, seguramente, tendréis que acabar eliminando. Además, si se hace este esfuerzo de integración, tu amigo acabará agradeciéndolo y comprobará las ventajas de tener un programa de control de facturación frente a una simple caja registradora.