Cuando se habla de actualización, uno se refiere a actualización del menú del sistema, pero se puede actualizar sin tocar el menú, es decir, actualizando IOS (o metiendo IOS nuevos).
Si no necesitas un IOS en particular NO LO METAS, si el IOS ya lo tienes y lo que quieres es des/actualizarlo, mejor no lo hagas si no sabes lo que haces, no es bueno estar tocando IOS.
Si necesitas un IOS que no tienes (y estás seguro de necesitarlo, que por ahí hay muchos que dicen que para que la Wii vaya bien se le mentan manualmente IOS38, IOS 55 y no se cuantos más... todo chorradas, la Wii solo debería tener los IOS que use para algo), entonces no pasa nada por que lo pongas.
Si usas SoftMii, este IOS que metes ya no sería un cIOS, pero dudo que tengas problemas con esto.