Eso es raro. Si te dice eso es q no lo tienes activo. Teclea lo siguiente:
lsmod > lista
Tendrás ahora un archivo llamado lista con la lista de los módulos cargados en memoria. Mira si están:
ip_nat_ftp
iptable_nat
ip_conntrack_ftp
ip_conntrack
Si no los tienes los tendrás q añadir a tu script iptables, ya q sin ellos, aunq el script te inicie, al no encontrar los modulos, no te funcionará iptables.