Las películas que yo tenía en formato .mov para el propio iTunes ya no las podía reproducir una vez pasé a ML, por eso ahora todas las peliculas las tengo en m4v y en mp4 y tanto iTunes como iPad y el resto de iDevices las reproducen sin problemas.
En cambio en iPhoto importo de mi cámara HD en formato .mov y puedo usarlas posteriormente en iMovie para hacer montajes sin problema.
Salu2