Creo que para hacerlo bien tienes que poner la carpeta del HD externo como itunes media y despues consollidar la biblioteca, con esto, todo lo que tengas e itunes se pasa al hd externo.
La biblioteca la puedes tener en el hd externo, pero los ficheros de la base de datos, preferencias, rutas de itunes se guardan en el ordenador que tiene itunes, asi que deberias pasar esos ficheros al nuevo ordenador cuando lo tengas.
Saludos.