A mi me pasa lo mismo con Safari .. lo cierro y acto seguido se vuelve a abrir (pero ocultado, como si apretase cmd + H) .. no sé qué coño le pasa jaja
Tengo una aplicación que baje de la AppStore, que se llama... no me acuerdo como, que te salé en la barra esta de arriba, a la derecha, el grupo y canción que se está escuchando. Puede ser eso?
Luego cuando llegue a casa pruebo a ver... Otra aplicación que tengo que usa iTunes es Alfred, pero realmente no es que lo use, sino que puedes manejar iTunes a través de él.
EDITO: Efectivamente, era el programa ese (NowPlaying) el que me estaba tocando las pelotas... A ver si sacan un update que lo arregle, porque me gusta esa aplicación.