Pues la verdad, al final lo solucione de otra manera, el programa tenia que mostrar 2 cosas tras su ejecucion XXXX y XXXX\ XXXX\ XXX, es decir que esos parametros los debia tomar un script como $1 el primero y $2 el segundo, al le pase los parametros al script, saque $1 (que ese seguro que no tenia espacios) y luego con un shift guardaba el resto de argumentos en otra variable, creo que con " " tambien deberia de funcionar, pero vamos cuando retoque el codigo lo hare de manera algo mas decente y sera el propio programa el que llame los scripts (para mover directorios prefiero usar las funciones del SO que java, aunque pierda la portabilidad del codigo)