No, no se instala, simplemente la primera vez que se ejecuta crea unos ficheros de configuración en el mismo directorio, nada más.
Yo instalé hace unos dos meses el último JDK estable directamente de Sun, lo instalé con el script que viene, y sin ningún problema. JDK es Java para desarrolladores que además de la MV en sí, trae el compilador y debugger.
Luego me bajé el Eclipse directamente de eclipse.org, lo descomprimí y al ejecutarlo ya me funcionaba a la primera.