En la instalacion del JD, te pide donde descargar tus descargas, si no dices nada, lo hace en /home/usuario/.jd/ Solo le das a explorar y seleccionas donde quieres que te lo haga.
Una cosa, sabeis si hay algun programa en modo consola del tipo del JDownloader? porque quiero montar un servidor sin entorno grafico ni nada, y eso me vendria genial.
saludos.