Vete al centro de software de Ubuntu, escribe Pysdm. Te encontrará un programa que se llama "Gestor de dispositivos de almacenamiento". Una vez instalado, lo abres, y allí aparecerán tus discos duros. Dale al botón "Por defecto", y luego dale al botón que pone "Asistente", allí veras una casilla que pone algo así "Montar disco duro al arrancar el sistema", eso es para que cada vez que enciendas el ordenador, tengas el disco duro montado.
Además te aconsejo que dentro de Jdownloader, en la pestaña "Ajustes", te vas a Interfaz, escojas la interfaz "Light(GTK)". A mi en Ubuntu me aparece mucho mas integrado.
Por cierto, Jdownloader funciona perfecto.
Saludos.