En tamaño son "iguales" pero en resolucion son distintas (256x192 NDS) a (320x240 inf 800x240Sup 3DS) logico la imagen se escalara al tamaño o igual podras verlo a resolucion original con el correspondiente borde negro..
Obvio aunque el tamaño sea mas grande NO significa que la resolucion cambie por el factor XL..Asi que si te toca decidir mejor lanzate por el 3ds (si puedes la XL) ya que dentro de poco ya no veras titulos nuevos para NDS...