Pues depende del cartucho.
Un cartucho de Gb/gbc, en la gba carga en modo GB gracias a una patilla que pulsa al ser introducido en su ranura. Si pulsas ese botoncillo con el lapiz, y enciendes la gba verás que arranca como si fuese gameboy.
Por lo tanto, esos cartuchos múltiples pueden o bien ser juegos de gb emulados en gba, lo que sí te funcionaría en ds; o ser juegos de gb "adaptados" al tamaño de cartucho de gba lo que no funcionaría en ds.
Yo apostaría por la 1ª opción, de gb ya hay un emulador decente hace mucho tiempo, y les saldría más fácil hacerlos.