Yo no lo acabo de ver, hay muchos juegos que se manejan perfectamente con una sola pantalla, teniendo la pantalla inferior para información (tal y como pasa en el Wind Waker HD de Wii U), pero en muchos otros necesitas un cambio constante entre pantallas. No es lo mismo cambiar la vista en las pantallas de la DS que en TV-tabletomando.
Además, una cosa es emular fluidamente juegos de GBA u otras consolas viejas, que cualquier trasto puede con el emulador perfectamente (una raspi mismamente) que emular juegos de DS o 3DS. Son consolas distintas, y aunque sean del mismo fabricante, la Wii U y la DS/3DS posiblemente tengan procesadores de arquitecturas totalmente diferentes. El usar una aplicación hecha para un procesador en otro distinto, o se hace tirando de emulación (a base de tirar por la vía de en medio y procesar a lo bruto) o se adapta el juego a ese nuevo procesador, lo que implica muchas, MUCHAS, horas de reprogramación, creación de herramientas y demás.
Visto el precio que tiene una DS o 3DS de segunda mano (o incluso nuevas) y los juegos de ambas, a Nintendo no le sale a cuenta dedicar una gran cantidad de recursos a sacar unos juegos para Wii U que son "fácilmente" accesibles por otras vías.
Vamos, supongo yo que igual les sale más a cuenta sacar un Zelda o un Mario nuevo que reciclar los viejos.