El wbfs_win.exe (que es el original de Hermes) le añadieron la opción para chequear la integridad.
Aunque lo pone en el leeme, no veo la opción, así que es posible que lo compruebe cuando hagas una operación sobre el disco.
Pruebate a listar los juegos tecleando en línea de comandos lo siguiente:
wbfs_win Z list
Nota: La letra Z la tienes que sustituir por la que corresponda con la unidad WBFS en Windows. Y ten mucho cuidado no te equivoques.
Si eso no funciona, pruebate a añadir otra vez un juego por linea de comandos, o borralo todo y a partir de ahora usa la linea de comandos.
El formato Wbfs lo creo Hermes y de Hermes es este programa. ¿Que mas decir?.