Usa la búsqueda avanzada, o busca en Google. Había un post explicando qué programa utilizar para ordenar los archivos en m3 real y otros flashes que no ordenan alfabéticamente, aunque ahora mismo no recuerdo dónde andará.
Edito: si no lo encuentras (yo no se donde está), mira el hilo oficial del DSTT. En el primer post se explican un par de formas de ordenar los archivos para que se muestren alfabéticamente al usar el flashcart. Puedes probar a ver si te funcionan en el real, ya que son métodos sencillos e inocuos.