Ese problema es innato en el 3D. Yo mismo tengo el 3D vision de Nvidia. Y por ejemplo en el caso del Metro 2033, puedo jugar al juego al maximo de prestaciones, hasta que activo el 3d, momento en el que para que el juego corra de forma adecuada, tengo que bajar gran parte de las caracteristicas de video.
Sin embargo, personalmente, prefiero 3d antes de que visual.
Sin ir mas lejos, el hecho de quitar el antialising, aumenta la tasa de fps en muchos juegos y con el 3d acitvo, apenas notas los bordes de sierra, por no decir que no se notan, al mnos en mi opinion. Otro ejemplo son las sombras volumetricas que son en su mayoria incompatibles con los sistemas 3D
Asi que al final es cuestion de elegir, que quitar de la calidad visual que no sea imprescindible con el 3d, para tener un juego con unos buenos graficos y el añadido de ser en 3d