Pues mira, la verdad es la siguiente.
La Gba dispone de unos 256Kb de memoria donde almacenar cositas. Entonces algunos juegos traen un sistema por el cual al principio haces una "minicopia" del juego en la otra gba pa asi poder jugar dos o mas personas. El problema es que claro, al ser solo 256Kb, frente a los "megas" que puede ocupar un juego completo, lo que se copia es una version reducida del juego (minijuego).
Esto no lo soportan todos los juegos, solo los que los programadores hayan hecho así. Por ejemplo: Puedes jugar al Mario Kart con un cartucho, pero sólo podrás elegir a Yoshi y correr en 3 circuitos diferentes, mientras que si juegas con dos cartuchos (cada uno con uno), tienes todas las opciones del modo un jugador.
Espero haberte ayudado! Saludos!