A nivel de "software" son 100% compatibles, a nivel de Hardware poseen un bloqueo por la forma de los cartuchos (el de una zona no entra en la otra). Puedes modificar el slot en la consola o el cartucho en sí para que entren.
Eso si, usar juegos jap en una consola americana es fácil (mejor modificar la consola)
Usar juegos americanos en una Super famicom es mas complejo, porque tendrías que modificar demasiado el slot.