Hola, aunque con PS2 uso HDLoader, con mi psone usaba un sistema similar al comentas. A riesgo de meter la pata, te comento un poco mi caso.
En mi consola tenía unas pegatinas similares a las Magic Keys que servían para que la consola no se percatase de que abría la tapa y cambiaba el disco de carga por la copia correspondiente.
Imagino que tu sistema será algo así. Obviamente, al engañar a la consola para que no sepa cuándo la abres y cambias los discos, tienes el inconveniente de que si un juego cualquiera te pide cambio de disco, el disco no va a dejar de girar porque la consola no interpreta que hayas abierto la bandeja/tapa (no sé exactamente cómo irá en ps2, ya te digo que es un sistema que yo usaba en psone).
Si el juego te da opción a guardar partida antes del cambio de disco, es tan simple como apagar la consola e iniciarla con el nuevo disco, al cargar partida seguirás directamente por el disco nuevo (al menos ha sido así en todos los juegos que he probado).
Si no te da esa opción, me temo que no hay nada que puedas hacer, es el inconveniente de ese sistema de carga.
