A mí me pasó algo similar cuando instalé el gdemu en mi VA0 Pal.
En mi caso la consola reconoce los juegos región "Pal" y los que están como región "Free", pero si le pongo alguna iso NTSC ya se jap o usa no las reconoce y me envía al menú principal de la consola.
Además, para que me reconozca los juegos tengo que deshabilitar la opción multi región del gdemu.
Es un poco extraño pero tampoco me parece algo muy importante ya que no es difícil encontrar gdi o cdi con las regiones que lee mi consola.