No entiendo mucho del tema, pero a mí me pasaba lo mismo (los mismos problemas que a tí) en su día con una PSX del 95 y también sólo con los backups. Un día abrí la consola y descubrí que había una especie de tornillo en un lateral del lector, que al girarlo cada cuarto de vuelta, los problemas desaparecián, o mejoraban bastante.
Más tarde descubrí que todos los lectores ópticos -sean de lo que sean-, llevan expresamente dicho "tornillo" para la calibración, y que los lectores se "descalibran" con el tiempo, a veces exageradamente como en nuestro caso, (sobre todo con los backups, ya que la lente se fuerza mucho más) y la mayoría de las veces casi inapreciable.
Llévala a alguna tienda de reparación o instalación de modchips, y que te la hechen un ojo, que seguro que tiene solución, o si no, se cambia el lector, que tampoco es tan caro.