Te recomiendo poner la ultima versión del Gomba-color en el directorio raíz del M3, Grabar el juego en gba con el m3 maneger.
Ir donde has puesto el juego y borra, manualmente, el juego .gba y poner el correspondiente .gb, siempre manteniendo el save que te crea por defecto el m3maneger y haciendo que los nombres sean idénticos excepto por la extensión, y evidentemente el formato.