Hasta donde yo se, es compatible con todos los de GBA usando el GB Player.
Con juegos de Gamecube, no es compatible como mando, salvo aquellos que tienen conexion GC-GBA y le dan ese uso. Por ejemplo en el Zelda Wind Waker, con la GBA puedes añadir un segundo jugador que controlará a Tingle.
Otro caso serían los juegos que necesitan una GBA como mando obligatoriamente para el multijugador, como el Zelda 4 Swords, el Final Fantasy Cristal Cronicles o el Pokemon Coloseum.