Havia una forma. Metías el Swap Magic, después una vez cargado, se ponía un juego original (el que mas TOC tenga) y se refrescaba el toc soltando por un momento un sensor de la tapa. Después de actualizar el toc, aun en el menú del Swap Magic pulsa ARRIBA+L1 y cargas el gestor de archivos que tengas en la memory card (no me acuerdo como se ponía el gestor de archivos en la tarjeta, pero si buscas encontraras algo). Una vez allí se debía hacer algunas modificaciones en la carga del menú y poner un acceso desde el gestor al menú de gestión de datos de la PS2 (por desgracia no me acuerdo porque ya tengo el chip). Hacías el cambio por la copia y cargabas el menú. Entonces te cargaba el menú de la PS2 con la memory card y con el disco de PSX detectado, se le da y a jugar.
Funciona perfectamente por que lo he ido usando durante mucho tiempo, lo que pasa es que no me acuerdo de como se configuraba todo. Seguro que si buscas bien encontraras algo, o sino esta el dios google.