No te preocupes, Zeipo, yo la GBASP que tengo la mitad de las veces la he cargado mientras estaba jugando a un juego de GBA o utilizándola en algún juego de GameCube (como Four Swords, Animal Crossing, Final Fantasy Christal Cronicles, etc....) eso sí, lo que pasa es que la carga suele durar el doble más o menos.
Pero no te preocupes, que no le pasará nada. Eso sí, verás que las dos lucecitas están encendidas durante la carga (la luz de encendido y la de cargando).