Te pide actualizar porque trae el Boot2v4 de la versión 4.2, aunque el resto de componentes de la actualización sean los de la 4.1. Te recomiendo actualizar Homebrew Channel y el resto de cosas del HackMii Installer con la última versión, la del Installer 0.6, y después actualiza con el juego. Así ya no correrás peligro de perder nada (sólo BootMii en boot2, y si lo habías podido instalar antes de actualizar, lo puedes volver a instalar después de actualizar sin problemas).