Como bien has dicho el EzFlash IV no tiene real time clock, pero hay un parche que aplicas a las roms de pokemon especificamente que simula el reloj interno, y no te mostrara el mensaje nunca más. La pila interna de el EzFlash es para guardar las partidas, no la cambies hasta que no te falle en ese sentido (podrias dañarla haciendolo).