Depende la distro. La mayoría de ellas instalan KDE3 en /usr/bin /usr/lib... y el KDE4 en /opt. Mientras KDE4 sea inestable seguirá siendo así, además creo que usa una carpeta ./kde diferente.
Como apunte, cuando salga KDE 4.0 habrá una herramienta llamada Kamion para trasladar todas las configuraciones de KDE 3.5 al 4.