Usas Lilo o Grub?
Yo nunca he usado Grub, solo puedo ayudarte si usas lilo.
Si tienes una knoppix, usala de la siguiente forma:
Localiza la particion / de tu disco duro en knoppix. Las ultimas versiones de knoppix muestran las particiones en el escritorio, asi que verás carpetas del tipo: hda1, hda2, etc. Las vas abriendo hasta que te la encuentres.
Una vez localizado / de tu disco duro, abres una consola y escribes:
#chroot hda1
(donde hda1 es el ejemplo que doy a la particion /, usa en tu caso tu particion /).
#kwrite /etc/lilo.conf
Esto abrira el archivo de configuracion de lilo
En ese archivo, en el subapartado del kernel que vayas a usar, cambia:
root=/dev/hdb1 por root=/dev/hda1 (solo son ejemplos, debes poner la particion /)
Al terminar,
#lilo
Reinicia y suerte.
P.D. Si, linux es muy pijotero para añadir discos y demás. A mi me pasó lo mismo que a ti y hasta que descubrí por qué era..
Editado: Vaya, ya lo has arreglado
Eso te ha pasado por lo que te habia dicho en el anterior mensaje, al pasar de maestro a esclavo, el disco duro pasa de hda a hdb