A ver.
La zona de 256Mb funciona exactamente igual que un cartucho de esa capacidad. En teoría es como si tuvieses 2 cartuchos en uno solo.
Creo recordar (te estoy contando esto e memoria) que hay que añadir las roms en la zona de 256 Mb arrastrándolas con el ratón. Si esto no funciona prueba a cargarlas con el icono correspondiente del menú del ezmanager.
Cuando ya aparecen en esa zona todavía no están en el cartucho. Hasta ahora lo único que has hecho es seleccionarlas y ordenarlas, pero falta copiarlas al cartucho. Para hacerlo tienes que elegir la opción "write roms" y comenzará el proceso de grabación al cartucho propiamente dicho.
Como ves, esta zona funciona diferente de la de 1Gb en la que cada rom es grabada al cartucho inmediatamente.
Nota: Ten en cuenta, como he dicho antes, que te lo he contado de memoria por lo que los nombres de las opciones que hay que elegir quizá sean diferentes (aunque no mucho) de los que te he dicho.