A mi, cuando tenía Kubuntu, y ahora teniedo Ubuntu, el Firefox me consume mucha mucha CPU cuando entro en una página que carga de Flash, y se debe a que el plugin de Flash aún tiene que ser depurado y optimizado mucho.
El aMule por si solo consume cierta CPU y bastante RAM porque ten en cuenta que es un proceso que siempre está creando y cerrando muchas conexiones, y cuando bajas, tiene cierto nivel de cahcé que llena para completar los archivos.
Pongamos que el consumo del aMule es normal y el del firefox no. Haz la prueba usando el Konqueror y mira a ver si come parecido.
Sobre el exceso de paquetes o dependencias, no creo que sea, puesto que la mayor parte son librerías que si no están siendo usadas por algún programa, no se ejecutan.
