Si mal no recuerdo no es recomendable en ese tipo de baterías descargarlas completamente, a la larga el ciclo de cargas se reduce, así como tampoco mantenerlas siempre totalmente cargadas, es decir, dejar puesto siempre el cargador y usar el aparato.
Eso si, tened en cuenta que para que se aprecien estos efectos hay que hacerlo de forma muy continuada, no os ralleis mucho con esto
Por supuesto las baterías de litio si se descargan completamente (por debajo de un voltaje mínimo) se joden y no se pueden recargar, pero para que pase eso tienes que dejar la batería "agotada" (es decir, sin carga para que el aparato encienda) durante mucho tiempo sin tocar para que se descargue sola, o ser tan estúpido de conectar los polos de la misma a una resistencia para descargarla.
Resumiendo: si la cargas cuando la batería está a la mitad no pasa nada.