Pues GXY, creo que o no te he entendido, o tienes los conceptos algo desvirtuados (creo!)
Un autonomo puede trabajar como "autonomo" en la calle, en su casa, en lo local o para otro autonomo/empresa.
Lo que cambia es como ese autonomo tributa al estado, ya sea por modalidad directa o por modulos, cosa que A es A, y B es B.
Yo como autonomo puedo trabajar por cuenta ajena? claro, con empleados? si, porque no, si los necesito, y si tengo un local, mi forma de tributar cambia? si, porque los modulos calculan metros cuadrados, gastos de luz y otros temas relacionados.
El caso, es que los modulos no estan pensados para quien no tiene nada y va por su cuenta a trabajar sin oficina ni nada, eso depende del empresario, pero un autonomo paga sus impuestos igual que el que tiene o no tiene local, pero la forma de tributar sus impuestos cambia en funcion de su IAE.