Como te dice Amano, es difícil que nadie haya pirateado tu consola, más que nada porque las consolas que se abren para ponerles chips es para que funcionen con copias por lo general, y no sé qué "copias" le vas a meter a una N64 que va con cartuchos.
Así que no te preocupes, que es muy poco probable que le hayan hecho nada. Eso sí, nadie te garantiza que no la hayan maltratado por fuera a piños xD