Como bien se ha dicho en principio a día de hoy no debería de haber ninguna diferencia entre sets encriptados y desencriptados, ya que supuestamente el resultado de desencriptarlas previamente y cargarlas en el emulador de esa manera, o que el emulador se encargue de hacerlo, es el mismo, viene siendo la única diferencia el tiempo de carga, ya que en el segundo caso es un proceso que se realiza cada vez que cargamos el juego, mientras que en el primero se omite.
Esto ocurre con todas las roms (C M P V S) siempre y cuando se utilice el método adecuado. Todo ello hablando por supuesto de sets originales, ya que luego podríamos hablar de bootlegs con fallos previos de desencriptado (me vienen a la mente todas las m1 de los bootlegs desde el 2001 hasta el 2003, o simplemente los tiles 8x8 de las barras de energía del svc o kof2k3 que perdían la transparencia) , o de hacks de roms de programa para alterar elementos del juego o para hacerlas funcionar en distintos emuladores (GOUG*NRXCOUG*) que si pueden causar distintos tipos de problemas (aunque me decantaría muchas veces mas por problemas con el emulador en si que con las roms parcheadas)
Por lo demás coincido en que se deberían de añadir las roms m1 encriptadas ya que el algoritmo es tras muchisimo tiempo, totalmente conocido, y de esta manera poder reorganizar bien los sets en totalmente encriptados y totalmente desencriptados para poder elegir en cualquier momento entre velocidad o fidelidad. Esto en el pc tiene menos sentido, inlcuso con pcs poco potentes y con el fba, pero para las consolas que cuentan con una ram muy limitada si que es interesante.
Por cierto que el winkawaks también es a día de hoy una de las peores opciones de emulador de neogeo para PC, ya que sigue sin soportar los rasters. Yo diría que a día de hoy los tres emuladores más interesantes de neogeo son por este orden: FBA-Mame-Nebula. De hecho me quedaría solo con los dos primeros a ser posible, ya que nebula a pesar de tener opciones interesantes como la emulación de neogeocd, pgm y las transparencias, le falta una emulación correcta de la desencriptación de roms de sonido, y la emulación de rasters no es tan perfecta como en los otros emuladores. FBA es la opción ideal en cualquier plataforma ya que es extremadamente rápido y completo, y lo más importante open source que permite que todo el mundo aporte su granito de arena.
Saludos!