Pues si, es un atraso ... porque el Wii Backup Manager por ejemplo, gestiona igual de bien todo sea FAT32, WBFS o NTFS ... con la diferencia que los Loaders no son capaces de escribir (solo leer) NTFS ... y por tanto, la mejor opcion a menos que se use para pelis en HD ... es tener FAT32.
O ... tener dos particiones.