Yo no sé cómo se hace con los juegos de Megadrive, pero con el SNESTool no vais a poder cambiar la región de aquellos juegos que hagan comprobaciones por software de la región de la consola.
Lo que hace el SNESTool es cambiar la información de la región que está en una zona FIJA de la ROM siempre, pero que la SNES no usa nunca, ni el propio código del juego tampoco.
La protección por software se hace porque el código del juego puede preguntar a un registro de la SNES si está funcionando a 50 ó 60Hz; tienes que localizar ese trozo de código ensamblador para quitar las instrucciones correspondientes o cambiarlas para que la comprobación siempre dé válida. Para ello se han de tener conocimientos de programación, para localizar las instrucciones y saber qué poner en su lugar. Cada juego lo hace de una forma particular y el código está en una posición cualquiera de la ROM, por lo que no se puede automatizar con ningún programa estilo SNESTool.